W trudnym dla Polski okresie wojny w latach 1940 – 45, kiedy Ochronka była zamknięta, dzieci nie zostawały jednak bez opieki. W tym okresie zajęcia odbywały się w Domu Parafialnym nadal pod opieką sióstr zakonnych, ale pod nazwą Katechizacji Parafialnej. Zakazano nauczania i wychowania w duchu patriotycznym, spotkania miały mieć charakter tylko czysto opiekuńczy i religijny.

Wznowienie pracy wychowawczej w Ochronce nastąpiło z dniem 01. 03. 1945 r. dla 170 dzieci. Zajęcia odbywały się przed i po południu. W tym czasie dziećmi opiekowały się s. M. Lilioza Benenowska, s. M. Szymona Gil i s. M. Trojana Szymańska.

Nad Polską przeszła jeszcze jedna burza, która z większą siłą uderzyła we wszystko co nazywało się polskie i we wszystko co nazywało się wolnością. Nastały rządy komunistyczne, czasy bardzo trudne nie tylko dla naszej Ochronki, ale dla wszystkich ochronek, przedszkoli, szkół, świetlic, szpitali prowadzonych przez Siostry.

Decyzją Wydziału Oświaty przy Prezydium Powiatowej Rady Narodowej w Jarocinie dnia 23.06.1951 r. nastąpiła likwidacja Ochronki. Jak w czasie wojny tak i tym razem rozproszone dzieci mogły znaleźć schronienie w Domu Parafialnym wśród swoich Sióstr.